em菌在使用方法上有两种：内服和外泼。养殖生产中虾农在使用em菌时普遍存在错用的问题，再次特别推荐正确的通用方法如下：

一、放苗前期　
  虾池经清理冲洗消毒后，放入新的消毒海水，次日肥水，待稍有水色后，加入em菌，由于新入海水，水中致病弧菌等微生物相对较少，此时投入em菌一方面可起到肥水作用，另一方面则可使em菌形成优势细菌种群，在施用em菌的情况下，所获得的藻相也是以有益的藻为主。这样初步获得了菌藻平衡。

二、养殖前期　
  投放em菌后，第三天可在虾池中单独补充芽孢杆菌。当养殖进行到大约10天左右，由于虾仍处于幼虾期，游泳能力差，不能排污，虾池中开始积累一定数量的残饵和粪便。此时应及时补加em菌。并根据需要经常少量添加新水。注意在养殖前期，除非对虾出现病害征兆，否则不要轻易消毒。

三、养殖中期　
  养殖一月后，对虾的活动能力增强，池塘已积累较多的粪便、残饵。此时，应通过中央排污排去底层污水。及时补入新水。由于消毒剂通常对各种微生物都能杀灭，待消毒剂的药性消失后(一般为3天)，其他有害微生物还没有大量繁殖前，应及时补充新的em菌。此时，对虾基本上可以摄食2号饲料，此时除了上述在水中施用em菌外，还可以在以后全程养殖中拌服em菌，拌服量占本餐投饲量的1－3％。

四、养殖后期　
  养殖达二月后，进入后期，生产上一般采用大排大灌更新池水，在这个时期原则上不再外泼em菌，因为换水频率较大，新加入的em菌很难繁殖起来。因此应以内服为主。投喂量和中期相同。