食物在胃和小肠内进行消化、主要是各种消化酶的作用。结肠不产生酶，只有细菌起消化作用。结肠内有多种细菌，大肠杆菌70％，厌氧杆菌20％，还有链球菌、变形杆菌、葡萄球菌、乳杆菌、芽胞和酵母。另有极少原生动物和螺旋体。肠细菌的重要作用是能产生生理需要的物质，如食物缺乏维生素时可在肠内合成维生素K、维生素B1、B2、维生素H、维生素B12、B6、蔚酸，叶酸和消旋泛酸。也能产生吲哚、粪臭素、硫化氢使粪有臭味。
 

为什么草食动物的粪便比肉食动物的粪便更臭？

草食性的食物中有大量的纤维素，纤维素吸收的场所多是大肠，大肠内寄生着大肠杆菌等多种微生物，微生物发酵造成大便恶臭，而肉食性的食物多是从胃就开始消化了，小肠是主要的吸收部位，大肠内几乎无吸收，所以大便不是很臭